Ohne Rollenspielelemente liegt das Hauptaugenmerk klar auf den Kämpfen. Kein Wunder also, dass die Entwickler das Kampfsystem verbessern. Das ist nun schneller, impulsiver und erlaubt präzisere Manöver. Dazu gibt es eine Limitierung für das Jutsu des Tauschens, mit dem ihr gleichzeitig einem Angriff eures Gegners ausweicht und euch hinter ihn teleportiert. Wer mit dieser Technik zu freizügig umgeht, steht schnell schutzlos da.
Eine weitere Änderung gibt es beim sogenannten "Awakening Mode". Dieser kann nun nicht mehr beliebig aktiviert werden, sondern nur noch, wenn die Lebenspunkte eines Kämpfers unter einen gewissen Punkt fallen. Dabei ändert sich sein Aussehen und ihr bekommt neue, stärkere Angriffe und Fähigkeiten. So verwandelt sich Naruto zum Beispiel in seinen neunschwänzigen Chakra-Modus und Sasuke beschwört den geisterhaften Krieger Susanoo, der ihn im Kampf beschützt. Zumindest Naruto-Anhänger haben jetzt ein Bild vor Augen, für den Rest nur so viel: Das ist cool.