Die Geschichte spielt sowohl in der Serien-Vergangenheit als auch in der Gegenwart. Ihr trefft Naruto als kleinem Ninja in Ausbildung und erlebt ihn zusätzlich im aktuellen Handlungsstrang. Der Fokus dieses Modus liegt auf den Geschehnissen, die Naruto bei seinen Abenteuern erlebt.
Es gibt auch kleinere Nebengeschichten, die sich um Narutos Vater Minato und Sasukes Bruder Itachi drehen. So sollen die Hintergründe und die Vergangenheit der beiden genauer beleuchtet werden. Neu dabei sind auch die Oberhäupter der Ninja-Dörfer, die erst kürzlich ihren ersten Auftritt in der Serie feierten.
Im Gegensatz zu "Naruto Shippuden - Ultimate Ninja Storm 2" entfernen die Entwickler die Rollenspielelemente komplett. So besteht der Geschichts-Modus jetzt aus aneinandergereihten Kämpfen, die das Spiel mit animierte Sequenzen einleitet. Ganze 60 Minuten neu animierte Szenen findet ihr laut den Entwicklern im Spiel. Für diese zeigt sich sogar das Studio verantwortlich, das die Anime-Serie zeichnet. Alle Charaktere werden von ihren Original-Synchronsprechern übernommen. Ihr dürft zwischen Sprachausgabe auf Englisch oder Japanisch frei wählen, dazu gibt es deutsche Untertitel.